امام باقر (ع) پس از عمرى تلاش در میدان بندگى خدا و احیاى دین و ترویج ‏علم و خدمات اجتماعى به جامعه اسلامى، در روز هفتم ماه ذو الحجه سال 114 رحلت کرد.


در سال رحلت و شهادت آن حضرت آراى دیگرى نیز وجود دارد.دسته‏ اى از مورخان سال 117 و بعضى سال 118 و گروه اندکى سالهاى 116 و 113 و 115 و 111 را یاد کرده ‏اند، اما بیشترین منابع تاریخى سال 114 را متذکر شده‏ اند.


منابع روایى و تاریخى علت وفات آن حضرت را مسمومیت دانسته‏ اند، مسمومیتى که دسته اى حکومت امویان در آن دخیل بوده است.
از برخى روایات استفاده مى‏ شود که مسمومیت امام باقر (ع) به وسیله زین آغشته به سم، صورت گرفته است، به گونه‏ اى که بدن آن گرامى از شدت تأثیر سم ‏بسرعت متورم گردید و سبب شهادت آن حضرت شد.


در این که چه فرد یا افرادى در این ماجراى خائنانه دست داشته ‏اند، نقلهاى روایى و تاریخى از اشخاص مختلفى نام برده‏ اند.بعضى از منابع، شخص هشام بن عبد الملک را عامل شهادت آن حضرت دانسته ‏اند.
بخشى دیگر، ابراهیم بن ولید را وسیله مسمومیت معرفى کرده‏ اند.
برخى از روایات نیز زید بن حسن را که از دیر زمان کینه‏ هاى عمیق نسبت به امام باقر (ع) داشت، مجرى این توطئه به شمار آورده‏ اند.


به طور مسلم وفات امام باقر (ع) در دوران خلافت هشام بن عبد الملک رخ داده است، زیرا خلافت هشام از سال 105 تا سال 125 هجرى استمرار داشته، و آخرین سالى که مورخان در وفات امام باقر (ع) نقل کرده‏اند 118 هجرى مى‏ باشد.
با این که نقلها بظاهر مختلف است، اما با اندکى تأمل در منابع روایى و تاریخ، بعید نمى‏ نماید که همه آنها به گونه ‏اى صحیح باشد زیرا عامل شهادت آن حضرت لازم نیست یک نفر باشد بلکه ممکن است افراد متعددى در شهادت امام باقر (ع) دست داشته‏ اند که هر روایت و نقل، به یکى از آنان اشاره کرده است.


با توجه به برخوردهاى خشن و قهر آمیز هشام با امام باقر (ع) و عداوت انکار ناپذیر بنى امیه با خاندان على (ع) شک نیست که او در از میان بردن امام‏باقر (ع) ـ اما بشکلى غیر علنى ـ انگیزه‏اى قوى داشته است.


بدیهى است که هشام براى عملى ساختن توطئه خود، از نیروهاى مورد اطمینان خویش بهره جوید، از این رو ابراهیم بن ولید را که عنصرى اموى و دشمن اهل بیت (ع) است به استخدام مى ‏گیرد و او امکانات لازم را در اختیار فردى که از اعضاى داخلى خاندان على (ع) بشمار مى ‏آید و مى‏ تواند در محیط زندگى امام باقر (ع) بدون مانع راه یابد و کسى مانع او نشود، قرار دهد، تا به وسیله او برنامه خائنانه هشام عملى گردد و امام به شهادت رسد.


امام باقر (ع) این چنین به شهادت رسید و به ملاقات الهى شتافت و در بقیع، کنار مرقد پدر بزرگوارش امام سجاد (ع) و عموى پدرش حسن بن على (ع) مدفون گشت.